结构方程（SEM）的分析主要依赖计算机软件的协助。40年前，LISREL就已经是被研究者广泛应用的 SEM 分析工具。早期分析 SEM 要用大型计算机主机，成本很高也很不方便。随着便携式计算机功能逐渐强大，使得这种情况产生了戏剧化的改变。
模型
由于愈来愈多人使用 SEM作为科研分析的工具，因此有许多统计学家陆续开发出不同的 SEM 统计工具来满足大家的科研需求，而且SEM的操作界面越来越友好，也越来越容易。
目前比较常用的SEM工具有Amos、EQS、LISREL、Mplus等，每一种分析工具都有其特定的功能，被许多研究者所使用。
Amos
Amos(Analysis of Moment Structures)是IBM SPSS公司旗下的产品，该软件无须依赖 SPSS的工作环境，即可独立进行运作。Amos 可直接读取不同版本的SPSS 数据文件，并且可将整个数据文件应用于分析过程中，无须作任何文件切割。
Amos 以画图为主，软件会自动将图形转为程序代码并进行演算。此外，Amos 也可以用BASIC输入，但此步骤太过麻烦，很少有研究者使用这一功能。
语法
Amos 软件的特色是内置 Bootstrap(自助法)的估计方法,可以估计所有参数的标准误及置信区间，对干缺失值的插补也提供了 ML插补及多重插补法。
EQS
1995 年，Peter Bentler教授以及合作者公开发行 EQS(Equations)软件，该软件受到许多学者欢迎，目前全球有近 30个国家的科研人员在使用这个软件。
EQS是结构方程模型分析中最容易使用的工具，具备最新的统计方法，尤其是处理非正态分布和有缺失值的数据时非常方便。
使用 EQS不需要学习矩阵及代数的技巧，用EQS的模型绘图工具Diagrammer 画出路径图后，只需点几下电脑鼠标，使用者就可以很容易在屏幕上画出它们的图解，只要画出模型，则不再需要学习EQS命令语言的语法,即可得到分析结果。
LISREL
LISREL(Linear Structural Relationships)可以用画图的方式分析,也可用语法输入的方式进行分析，事实上LISREL画图的功能并不好用，建议使用 LISREL软件时采用语法输入的方式进行分析。
目前，LISREL有三种语法输入的方式。其中，SIMPLIS 是最直观的语法，简单易学。但面对复杂的模型时SIMPLIS语法就不太适合。
LISREL语法以矩阵为基础，有矩阵知识基础的人学起来比较容易
sem结构方程模型
，该语法也是 LISREL 分析时所使用的正统的语法。还有PRELIS语法可以用来处理数据，比如进行数据插补或产生各式矩阵(如polychoric、polyserial矩阵等)。
另外，LISREL 还可以执行 Bootstrap 分析等,是一个功能强大的软件。
Mplus
Mplus 的优势在于允许一起分析横截面和时间序列数据，单层和多层数据，来自不同母样本的数据以及可见或不可见的异质数据。
可分析的是连续(continuous)、缺失(consored)、二分类(binary)、顺序(orderedcategorical/ordinal)、名义(unordered categorical/nominal)、计数(counts)或这些类型的组合。
变量
Mplus 也有特别的功能处理缺失值、复杂的调查数据和多层次的数据。此外
sem结构方程模型
，Mplus 有强大的功能用于蒙特卡罗模拟研究。
教育学模型：│││││││││
社会学模型：││ 整合技术接受模型（UTAUT） │││││││
管理学模型：│││││││││丨
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